Samsung Galaxy S5 — RE: problemas al encender S 5 siendo root

Bueno vamos por partes.
Primero el Knox ya no volverá a 0, de momento imposible, nadie a conseguido hacerlo.
Segundo, supongo que al hacerle root al teléfono y varias aplicaciones que hayas instalado relacionadas con el root, te habrán tocado aspecto del Sistema, que ha conseguido que lo tengas algo inestable, y aunque le hagas restablecimiento de fábrica o los respectivos Wipes, como ya tienes el Sistema tocado, pues te los restablece igual que el que lo tienes.
Soluciones, pues que Flashees una rom Stock por Odin, Lollipop si quieres tener la última versión del sistema operativo, y así lo tendrás sin root y limpio para hacerle lo que tu quieras, eso si con sus respectivos Wipes antes y Después de Flashear la rom.
Te dejo enlace a este Tutorial por si te decides TUTORIAL Actualizar de manera manual con Odin a Lollipop

A ver, si yo si que te entiendo, pero dices que actualizaste a Lollipop y después de rootear el teléfono, tenías ese problema en el arranque.
Pues dejalo Stock Lollipop si quieres sin root, o simplemente puedes igual con Odin dejarlo Stock en Kitkat.
Yo te doy sugerencias, ya haces lo que tu veas.